Terytorium obecnej Gminy Sicienko od wczesnego średniowiecza związane było z wyodrębnioną u schyłku XII w. dzielnicą kujawską. Ukształtowany w okresie rozbicia dzielnicowego Polski wewnętrzny administracyjny podział Kujaw w zasadniczym zrębie uległ stabilizacji do czasów współczesnych. Okres średniowiecza, to czas początków powiatów kujawskich, których bezpośrednimi poprzednikami były kasztelanie. Obszar Gminy Sicienko od początków lat trzydziestych XIII w. leżał na terytorium kasztelanii bydgoskiej, zorganizowanej najprawdopodobniej przez księcia Kazimierza Konradowica. Po uformowaniu się w pierwszej połowie XIV w. województwa inowrocławskiego terytorium Gminy Sicienko znalazło się w granicach tegoż województwa, w powiecie bydgoskim. Taki układ administracyjny obowiązywał do końca okresu przedrozbiorowego.
Na mocy pierwszego rozbioru Polski w 1772 r. obszary obecnej Gminy Sicienko, jak i powiatu bydgoskiego zostały przyłączone do Prus i weszły w skład okręgu nadnoteckiego (bydgoskiego) i nowo utworzonej prowincji noszącej nazwę Prusy Zachodnie, ze stolicą w Kwidzyniu, a od 1793 r. w Gdańsku.
W okresie (1807-1815) obszar Gminy Sicienko wchodził w skład Księstwa Warszawskiego, departamentu bydgoskiego. Po 1815 r. terytorium to znalazło się w granicach rejencji bydgoskiej, w obrębie Wielkiego Księstwa Poznańskiego, a od 1848 r. Prowincji Poznańskiej. Taki układ administracyjny pozostawał do 1920 r. W styczniu 1920 r. mocą Traktatu Wersalskiego terytorium Gminy Sicienko, wraz z Bydgoszczą i powiatem bydgoskim, znalazło się w granicach odrodzonej Polski. W okresie II Rzeczypospolitej obszar Gminy administracyjnie przynależał do województwa poznańskiego, powiatu bydgoskiego, a od 1938 r. terytorium to znalazło się w województwie pomorskim ze stolicą w Toruniu.
W okresie II wojny światowej, aż do jej zakończenia, tereny Gminy Sicienko wchodziły w skład powiatu bydgoskiego, rejencji bydgoskiej, Okręgu Gdańsk-Prusy Zachodnie.
Po zakończeniu II wojny światowej, w 1945 r. teren Gminy znajdował się w granicach powiatu bydgoskiego, województwa pomorskiego z siedzibą w Bydgoszczy. W 1950 r. województwo to przemianowano na bydgoskie.
W efekcie kolejnej reformy administracji terytorialnej w 1975 r., w ramach której zlikwidowano powiaty, od 1 czerwca tego roku, terytorium Gminy Sicienko weszło w skład okrojonego województwa bydgoskiego.
Ostatnia zmiana miała miejsce 1 stycznia 1999 r., kiedy to w wyniku nowej reformy, teren naszej Gminy znalazł się w granicach reaktywowanego powiatu bydgoskiego, w województwie kujawsko-pomorskim.